Phía lãnh đạo Hải quan TP.HCM cho rằng, một bất cập khác liên quan đến cảng Cát Lái là bởi khu vực này luôn bị quá tải. Điều này dẫn đến tất cả các ngày trong tuần đều xảy ra kẹt xe kéo dài trên các tuyến đường vào cảng Cát Lái.
Mặc dù vậy lãnh đạo Hải quan TP vẫn khẳng định, doanh nghiệp chọn làm hàng ở cảng Cái Mép (Vũng Tàu) nhưng khi làm thủ tục nhập hàng vẫn phải vận chuyển về TP.HCM với quãng đường khá dài…Vì vậy, các doanh nghiệp vẫn ưu tiên chọn cảng biển ở TP.HCM, đặc biệt là cảng Cát Lái. Song, TP cần có sự điều tiết hàng hóa giữa các cảng trên địa bàn nhằm đảm bảo khai thác hiệu quả các cảng biển của TP.HCM.
Trước vấn đề này, ông Nguyễn Thành Phong - Chủ tịch UBND TP cho rằng: Việc hàng hóa xuất nhập khẩu tập trung nhiều vào cảng Cát Lái sẽ làm gia tăng nguồn thu cho TP.HCM.
"Về toàn cục, TP.HCM cần chia sẻ với việc các doanh nghiệp chọn cảng Cái Mép (Vũng Tàu) làm hàng. Bởi, cảng Cái Mép được đầu tư thành cảng biển trọng điểm của cả nước nhưng hiện nay chỉ khai thác với công suất khoảng 25%. Cũng vì lẽ đó, TP.HCM đã phối hợp với Bộ Giao thông vận tải phân luồng hàng hóa về cảng này", ông Phong nói.