Ngoài ra, cũng có một số doanh nghiệp tư nhân bắt đầu đầu tư xây dựng nhà kho để tự kinh doanh hoặc cho thuê, tuy nhiên diện tích các nhà kho này nhỏ do quỹ đất trên địa bàn Thành phố không nhiều, vốn đầu tư của các doanh nghiệp không lớn.
Tại các nhà ga, hệ thống kho cơ bản có cơ sở vật chất lạc hậu vì xây dựng đã lâu và không thường xuyên được đầu tư sửa chữa, bảo dưỡng.
Tại các bến thủy nội địa cũng đã có các bến, bãi tập kết trung chuyển hàng hóa. Nhìn chung, hệ thống kho hàng, bến bãi trên địa bàn thành phố Hà Nội vẫn còn manh mún, nhỏ lẻ, thiếu liên kết và gần như chưa có chuyển biến rõ rệt nhằm hỗ trợ lưu thông hàng hóa.
Ngoài hệ thống kho bãi thông thường, trên địa bàn Thành phố đang duy trì hệ thống kho, bãi container phục vụ hàng hóa xuất, nhập khẩu tại 02 cảng ICD là cảng ICD Mỹ Đình và cảng ICD Gia Lâm, trong đó cảng ICD Gia Lâm được hình thành từ năm 1996. Giống như các ICD tại miền Bắc được đánh giá là số lượng còn ít, diện tích và quy mô khai thác nhỏ, chưa có các trang thiết bị xếp dỡ chuyên dụng.
Về kết nối các loại hình giao thông, các ICD mới chỉ sử dụng đường bộ, chưa kết nối được với đường sắt và đường sông. Phạm vi khai thác còn hạn chế, chủ yếu chỉ cung cấp dịch vụ vận tải đường bộ, cho thuê kho bãi và một số dịch vụ có liên quan. Hiệu quả về chi phí vận tải từ kho chủ hàng tới cảng biển còn thấp, chưa có sự gắn kết chặt chẽ với cảng biển và các công ty vận tải biển.
Để mở rộng năng lực thông qua cho hàng hóa container và thực hiện Quy hoạch phát triển hệ thống cảng cạn Việt Nam đến năm 2020, định hướng đến năm 2030 được Thủ tướng Chính phủ phê duyệt tại Quyết định số 2223/QĐ-TTg ngày 13/12/2011, UBND Thành phố đã quyết định chủ trương đầu tư xây dựng 02 cảng cạn ICD mới tại xã Đức Thượng, huyện Hoài Đức (quy mô 23,2ha) và tại xã Cổ Bi, huyện Gia Lâm (quy mô giai đoạn 1 là 19,2ha, giai đoạn 2 là 28ha).