Để ngành dịch vụ logistics Hải Phòng liên kết phát triển một cách đồng bộ, phù hợp với tình hình phát triển hạ tầng giao thông của thành phố đã được đầu tư bài bản, toàn diện nhằm nâng cao hiệu quả ngành vận tải, giảm thiểu chi phí logistics và giảm khí thải GHG và chiến lược phát triển bền vững ngành giao thông vận tải đường thủy nội địa Việt Nam. Thành phố Hải Phòng đã đề xuất Chính phủ, Bộ GTVT về quy hoạch phát triển logistics tại Hải Phòng đã đạt được nhiều kết quả song vẫn còn nhiều mặt còn hạn chế sự phát triển đồng bộ vận tải đường thủy nội địa, đường biển, đường sắt, đường bộ để kết nối giao thông giảm thiểu chi phí logictisc cần phải giải quyết một số nội dung như sau:      

Hệ thống giao thông kết nối giữa cảng thủy nội địa với đường bộ (quốc lộ, tỉnh lộ) với đường sắt còn nhiều bất cập, thiếu đồng bộ về tải trọng cầu đường, nhiều tuyến đường tỉnh lộ đi địa phương đầu tư chỉ đáp ứng phương  tiện vận tải nhỏ, xe lớn như container không tham gia vận chuyển được nếu có các xe tải, bốc xếp nhiều làn dẫn đến việc tổ chức vận chuyển hàng từ cảng về các tuyến quốc lộ gặp rất nhiều khó khăn, phát sinh nhiều chi phí làm giá vận chuyển đường thủy vẫn cao hơn so với đường bộ không hấp dẫn với khách hàng. Điều này làm hạn chế sự phát triển vận tải đường thủy nội địa và dịch vụ logistics.

Chiều cao tĩnh không các cầu qua sông còn thấp đã làm hạn chế việc phát triển vận chuyển đường thủy nội địa do các tàu vận chuyển có tải trọng lớn hoặc tàu vận chuyển hàng container không đi sâu vào trong nội địa, đề nghị Bộ GTVT cần xây dựng những tuyến vận chuyển trọng điểm kết nối giữa đường biển, đường thủy với cảng biển Hải Phòng, cảng Quảng Ninh vào sâu nội địa và ưu đãi chính sách tài chính phát triển các cảng thủy nội địa dọc tuyến này và lưu ý việc đầu tư, sữa chữa, nâng cấp, xây dựng cầu qua sông có chiều cao phù hợp với tàu có trọng  tải lớn kể cả việc nạo vét luồng để đảm bảo độ sâu cho tàu lưu thông an toàn; khuyến cáo các nhà máy đóng tàu cầu có giải pháp nâng hạ ca bin mới đăng kiểm cho tàu được chở hàng tải trọng lớn vào sâu nội địa.

Chính phủ cần có chính sách ưu đãi về lãi suất vay vốn đầu tư phát triển vận tải đường thủy, đầu tư xây dựng cảng để khuyến khích các tổ chức, cá nhân đầu tư xây dựng cảng thủy nội địa, ưu tiên phát triển giao thông đường sắt, đường bộ kết nối với đường thủy.

Điều chỉnh khuôn khổ pháp lý để kết nối giữa ban ngành Trung ương.

- Nghị định, thông tư còn cồng kềnh.

- Quan hệ bộ giao thông vận tải với các tỉnh địa phương  cục đường thủy nội địa chưa được đồng bộ, phù hợp để khai thác thế mạnh của vận tải đường thủy nội địa.

-  Về vấn đề tài chính còn chưa được đầu tư đúng mực nên còn hạn chế các doanh nghiệp đầu tư xây dựng vận tải đường thủy.

Việc xây dựng cảng thủy nội địa bị hạn chế thời gian từ tháng 6 đến tháng 10 không cho cảng hoạt động do bị ảnh hưởng thoát lũ về mùa mưa, nên không thể xây dựng kho bãi ngoài cảng và thời gian khai thác trong mùa mưa lũ. Đề nghị xem xét điều chỉnh phù hợp để doanh nghiệp xác định thời gian khai thác trong mùa lũ ; nhất là mùa không có lũ hoặc có lũ báo động đến mức cần thiết mới không cho cảng hoạt động để doanh nghiệp có thể vẫn tiếp tục khai thác hàng trong mùa mưa nhưng không bị ảnh hưởng lũ lụt và trích một phần đất liền kề cảng để cho các doanh nghiệp đầu tư cảng thủy nội địa xây dựng hệ thống kho bãi phục vụ hoạt động cảng thủy nội địa hoặc nghiên cứu phương án cho các doanh nghiệp thuê thiết kế xây dựng kho thông minh vừa đảm bảo thoát lũ vừa có thể chứa được hàng, không ảnh hưởng đến đê điều mùa lũ, có như vậy mới có thể phát huy lợi thế cảng thủy nội địa được.

Nhiều chính sách về thuế, phí, lệ phí còn chồng chéo phát sinh cho doanh nghiệp vận tải dẫn đến chi phí đầu vào ngành vận tải tăng, giá thành vận tải vẫn cao hơn các nước trong khu vực.

Trình độ quản lý của các doanh nghiệp còn hạn chế, việc ứng dụng công nghệ thông tin vào việc quản lý điều hành doanh nghiệp còn chưa được phát triển rộng rãi vẫn còn điều hành theo kiểu thủ công dẫn đến phát sinh chi phí doanh nghiệp.